En la Copa de Honduras de 1968, Motagua compartió grupo con Atlético Indio, Atlético Español, Olimpia y Victoria; Motagua pasó a las semifinales. En las semifinales se enfrentó al Atlético Indio, al cual venció por un marcador de 1-0. Luego en la final se enfrentó al Real España en el Estadio Francisco Morazán y a quienes derrotó por un marcador de 2-1 en penales. El siglo XX comenzó con las mismas agitaciones políticas con que acabó el siglo anterior, que cristalizarían en la Guerra Civil.
