En los dos años que estuvo Jupp Heynckes, el equipo mejoró considerablemente, ya que estuvo luchando por clasificarse para la Copa de la UEFA hasta el último momento, además de llegar hasta semifinales de la Copa del Rey, tras quince años sin lograrlo, siendo eliminado finalmente por el Real Madrid. Al comienzo de la temporada 2001-02, el Athletic estrenaba nuevo presidente; Javier Uría, y nuevo entrenador; Jupp Heynckes, camiseta boca juniors que realizaba su segundo ciclo en el banquillo rojiblanco.
