En esta ocasión, no le pudo hacer frente el último campeón de la Copa Libertadores y fue goleado 4-1. Los brasileños se pusieron arriba temprano en el marcador a lo cual Independiente consiguió igualar rápidamente a través de Jorge Burruchaga, pero realizó un mal segundo tiempo y se llevó tres goles más. La clasificación corrió riesgo en cuartos cuando perdió con Atlético Nacional en el Estadio Atanasio Girardot pero jugando en casa lo dio vuelta con dos goles de Gustavo López y avanzó a semifinales.
